财政部台北国税局表示，民众到全民健康保险特约药局（下称健保药局）购买政府徵用口罩或配销之75%防疫清洁用酒精，不会拿到统一发票。
该局说明，依传染病防治法第55条规定：「中央流行疫情指挥中心（下称疫情指挥中心）成立期间，各级政府机关依指挥官之指示，对於事业徵用及配销防疫物资之行为，得不受公平交易法第14条、商品标示法有关商品标示文字、标示方法及标示事项等规定之限制；各该事业受各级政府机关委托，依政府机关规定价格代售徵用或配销之防疫物资，其出售收入全数交该委托机关解缴公库者，免课徵营业税。」为因应新型冠状病毒（武汉肺炎）疫情，疫情指挥中心宣布，自109年2月6日起口罩贩售采实名制，於疫情指挥中心成立期间，健保药局受政府机关委托，依规定价格代售徵用口罩取得的收入，全数交该委托机关解缴公库，依前揭规定，药局该部分收入不计入销售额，免课徵营业税，免开立统一发票。
另为提供充足防疫物资，满足防疫需求，日前疫情指挥中心协调产制并依规定标示非食用之酒精成分75%防疫清洁用酒精（下称75%防疫清洁用酒精），健保药局代售该防疫清洁用酒精取得之款项，依传染病防治法第55条规定，亦免课徵营业税，免开立统一发票。
该局指出，药局如专营依医师处方笺从事调剂及经调剂后药品供应业务，未兼营药品或其他货物销售业务者，免办理税籍登记，免课徵营业税，惟应按其收入核定主持药师、药剂生的执行业务所得，依法课徵综合所得税。倘药局除经营依医师处方笺从事调剂及经调剂后药品供应业务，尚兼营药品或其他货物销售业务，则应依法办理税籍登记，其中属销售药品及其他货物的收入，应依法课徵营业税。故於疫情指挥中心成立期间，不论专营或兼营依医师处方笺从事调剂及经调剂后药品供应业务的健保特约药局，其受政府委托代售徵用口罩或配销之75%防疫酒精取得的收入，均免开立统一发票，并免列入营业税销售额申报，切勿列入「免税销售额」申报，以免影响权益。
该局进一步说明，此次健保药局配合代售配销之75%防疫清洁用酒精向政府机关收取之手续费，系属药师、药剂生配合供应防疫物资提供专业性劳务之收入，非属营业税课税范围，免开立统一发票。至於台酒公司及台糖公司门市及铺货至超商、卖场等通路销售上开75%防疫清洁用酒精，非属传染病防治法第55条规定范畴，仍应依法开立统一发票报缴营业税。