财政部高雄国税局表示，营利事业如果依照职业安全卫生法及其施行细则规定，必须对在职劳工施行健康检查所负担之费用，可依营利事业所得税查核准则第81条第5款及第8款规定核实列为职工福利，不视为员工之薪资所得；惟如由营利事业补助员工一般性定期健康检查费用或於前揭职业安全卫生法规定以外，另外增加健康检查次数及项目负担，则属营利事业对员工健康检查之补助，应列为薪资费用，至於员工取得之补助核属所得税法第14条第1项第3类之薪资所得，依法应并计员工薪资所得扣缴所得税。
该局举例说明，甲公司108年度依法对从事特别危害健康工作之劳工，定期施行特定项目之健康检查费用共新台币（下同）30万元，另补助员工一般性定期健康检查费用50万元，则甲公司於办理108年度营利事业所得税结算申报时，应将上述健康检查费用分别列报於职工福利30万元及薪资费用50万元，另员工取得健康检查补助50万元，应并计员工薪资所得办理综合所得税申报。
该局指出，营利事业给付员工健康检查费用时，应注意上开规定区分处理，对於属员工薪资所得部分，於给付时应依规定办理扣缴申报，以免因违反扣缴义务遭补税处罚。