財政部高雄國稅局表示，營利事業如果依照職業安全衛生法及其施行細則規定，必須對在職勞工施行健康檢查所負擔之費用，可依營利事業所得稅查核準則第81條第5款及第8款規定核實列為職工福利，不視為員工之薪資所得；惟如由營利事業補助員工一般性定期健康檢查費用或於前揭職業安全衛生法規定以外，另外增加健康檢查次數及項目負擔，則屬營利事業對員工健康檢查之補助，應列為薪資費用，至於員工取得之補助核屬所得稅法第14條第1項第3類之薪資所得，依法應併計員工薪資所得扣繳所得稅。
該局舉例說明，甲公司108年度依法對從事特別危害健康工作之勞工，定期施行特定項目之健康檢查費用共新臺幣（下同）30萬元，另補助員工一般性定期健康檢查費用50萬元，則甲公司於辦理108年度營利事業所得稅結算申報時，應將上述健康檢查費用分別列報於職工福利30萬元及薪資費用50萬元，另員工取得健康檢查補助50萬元，應併計員工薪資所得辦理綜合所得稅申報。
該局指出，營利事業給付員工健康檢查費用時，應注意上開規定區分處理，對於屬員工薪資所得部分，於給付時應依規定辦理扣繳申報，以免因違反扣繳義務遭補稅處罰。