配合99年12月25日高雄县市合并改制作业，原隶属财政部台湾省南区国税局之高雄县辖区国税稽徵业务，将於100年起移转由高雄市国税局承接办理；亦即原隶属南区国税局之高雄县分局、冈山稽徵所及旗山稽徵所将於100年1月1日改隶属高雄市国税局，高雄县分局并将配合行政区域调整，更名为「高雄市国税局凤山分局」。
因国税业务的调整与县市合并的基准日并无明显密不可分的关联，为利会计年度及业务划分之衔接，报经行政院核定以100年1月1日为国税局组织、业务及服务辖区调整的基准日，与高雄县市改制合并的实施日期为99年12月25日有别；也就是说，高雄县市在99年12月25日合并为高雄市，但是在99年12月25日至99年12月31日期间，原高雄县的国税稽徵业务仍属南区国税局职掌，至100年1月1日时才调整由高雄市国税局承接。
高雄市国税局特别提醒大高雄地区的民众，县市合并后，该局所属各分局、稽徵所服务的行政区域范围及办公地点均无变动，营利事业税籍亦无变更，100年1月应办理之99年11-12月（期）、12月（期）营业税申报及99年度各类所得扣（免）缴及股利凭单资料申报，皆维持现行作业方式。另外，该局也说明，配合高雄县市合并改制后，行政区一律以「区」为单位，也就是说改制前的高雄县「乡、镇、市」将改为「区」，「村」改为「里」，因此，高雄县分局、冈山稽徵所及旗山稽徵所之地址，於县市合并后，将配合直辖市行政区以「区」为单位而调整，如冈山稽徵所地址「高雄县冈山镇介寿路100号」，将改为「高雄市冈山区介寿路100号」。
