配合99年12月25日高雄縣市合併改制作業，原隸屬財政部臺灣省南區國稅局之高雄縣轄區國稅稽徵業務，將於100年起移轉由高雄市國稅局承接辦理；亦即原隸屬南區國稅局之高雄縣分局、岡山稽徵所及旗山稽徵所將於100年1月1日改隸屬高雄市國稅局，高雄縣分局並將配合行政區域調整，更名為「高雄市國稅局鳳山分局」。
因國稅業務的調整與縣市合併的基準日並無明顯密不可分的關聯，為利會計年度及業務劃分之銜接，報經行政院核定以100年1月1日為國稅局組織、業務及服務轄區調整的基準日，與高雄縣市改制合併的實施日期為99年12月25日有別；也就是說，高雄縣市在99年12月25日合併為高雄市，但是在99年12月25日至99年12月31日期間，原高雄縣的國稅稽徵業務仍屬南區國稅局職掌，至100年1月1日時才調整由高雄市國稅局承接。
高雄市國稅局特別提醒大高雄地區的民眾，縣市合併後，該局所屬各分局、稽徵所服務的行政區域範圍及辦公地點均無變動，營利事業稅籍亦無變更，100年1月應辦理之99年11-12月（期）、12月（期）營業稅申報及99年度各類所得扣（免）繳及股利憑單資料申報，皆維持現行作業方式。另外，該局也說明，配合高雄縣市合併改制後，行政區一律以「區」為單位，也就是說改制前的高雄縣「鄉、鎮、市」將改為「區」，「村」改為「里」，因此，高雄縣分局、岡山稽徵所及旗山稽徵所之地址，於縣市合併後，將配合直轄市行政區以「區」為單位而調整，如岡山稽徵所地址「高雄縣岡山鎮介壽路100號」，將改為「高雄市岡山區介壽路100號」。
