为配合证券交易所得课税制度改革，鼓励长期投资，营利事业自今（102）年1月1日起，出售持有满3年以上属於所得税法第4条之1规定的股票，在计算当年度证券交易所得时，减除其当年度出售持有满3年以上股票的交易损失，余额为正数者，以余额半数计入当年度基本所得额；余额为负数者，自发生年度的次年度起5年内，从当年度证券交易所得中减除。该局指出，营利事业计算出售股票持有期间应采用先进先出，举例说明，甲公司分别在99年1月1日及101年7月1日以每股80元购入乙公司股票10万股及30万股。甲公司之后在今年3月1日以每股100元出售乙公司股票20万股，按先进先出法计算持有期间，其中10万股系出售99年1 月1日所购入的股票，属持有满3年以上，可适用减半计入基本所得额的证券交易所得为200万元〔（100元－80元）×10万股〕。其余10万股系出售101年7月1日所购入的股票，持有期间未满3年，因此股票交易损益200万元应全数计入基本所得额。甲公司当年度应计入基本所得额的证券交易所得为300万元（200万元/2+200万元）。
