為配合證券交易所得課稅制度改革，鼓勵長期投資，營利事業自今（102）年1月1日起，出售持有滿3年以上屬於所得稅法第4條之1規定的股票，在計算當年度證券交易所得時，減除其當年度出售持有滿3年以上股票的交易損失，餘額為正數者，以餘額半數計入當年度基本所得額；餘額為負數者，自發生年度的次年度起5年內，從當年度證券交易所得中減除。該局指出，營利事業計算出售股票持有期間應採用先進先出，舉例說明，甲公司分別在99年1月1日及101年7月1日以每股80元購入乙公司股票10萬股及30萬股。甲公司之後在今年3月1日以每股100元出售乙公司股票20萬股，按先進先出法計算持有期間，其中10萬股係出售99年1 月1日所購入的股票，屬持有滿3年以上，可適用減半計入基本所得額的證券交易所得為200萬元〔（100元－80元）×10萬股〕。其餘10萬股係出售101年7月1日所購入的股票，持有期間未滿3年，因此股票交易損益200萬元應全數計入基本所得額。甲公司當年度應計入基本所得額的證券交易所得為300萬元（200萬元/2+200萬元）。
