依据100年1月26日修正公布加值型及非加值型营业税法第7条第4款规定，销售与保税区营业人供营运之货物或劳务，营业税税率为零。如营业人有销售与保税区营业人非供营运使用之货物或劳务，且误以零税率销售额申报营业税之情形，请尽速依税捐稽徵法第48条之1规定，自动补报并补缴应纳营业税。依据100年6月22日修正发布同法施行细则第7条之1第2项规定，所称供营运之货物或劳务，指供经核准在保税区内从事保税货物之贸易、仓储、物流、货柜（物）之集散、转口、转运、承揽运送、报关服务、组装、重整、包装、修理、装配、加工、制造、检验、测试、展览、技术服务及其他经核准经营业务所使用，或供外销使用之货物或劳务。以出口为导向之保税区营业人经营仓储、转运及贸易等业务，其自国内购买之原、物料及成品之买卖；或经营晶圆封装、测试及软体设计等高科技产业，其购进非属消费性质之货物或劳务投入事业营运，如符合上开规定即可适用零税率申报营业税销售额。部分保税区营业人於100年6月22日以后，因不谙前揭税法之修正，致误签署零税率统一发票扣抵联及卖方营业人亦误以零税率销售额申报营业税，特订定辅导期至101年4月30日止，营业人於100年6月22日至12月31日间销售与保税区营业人供非保税货物使用之货物或劳务，除该保税区营业人就前开非保税货物或购入之货物或劳务於辅导期限届满前已报运出口或转供保税货物使用者，得取具该保税区营业人书面切结适用零税率外，原开立错误之统一发票须作废并重新开立应税统一发票，并依税捐稽徵法第48条之1规定自动补报补缴税款。营业人如销售不符合前述「供营运之货物或劳务」定义之货物或劳务与保税区营业人，且误以零税率销售额申报营业税之情形，请於辅导期限内依相关规定补报补缴应纳之营业税额，以免受罚。
