依據100年1月26日修正公布加值型及非加值型營業稅法第7條第4款規定，銷售與保稅區營業人供營運之貨物或勞務，營業稅稅率為零。如營業人有銷售與保稅區營業人非供營運使用之貨物或勞務，且誤以零稅率銷售額申報營業稅之情形，請儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定，自動補報並補繳應納營業稅。依據100年6月22日修正發布同法施行細則第7條之1第2項規定，所稱供營運之貨物或勞務，指供經核准在保稅區內從事保稅貨物之貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修理、裝配、加工、製造、檢驗、測試、展覽、技術服務及其他經核准經營業務所使用，或供外銷使用之貨物或勞務。以出口為導向之保稅區營業人經營倉儲、轉運及貿易等業務，其自國內購買之原、物料及成品之買賣；或經營晶圓封裝、測試及軟體設計等高科技產業，其購進非屬消費性質之貨物或勞務投入事業營運，如符合上開規定即可適用零稅率申報營業稅銷售額。部分保稅區營業人於100年6月22日以後，因不諳前揭稅法之修正，致誤簽署零稅率統一發票扣抵聯及賣方營業人亦誤以零稅率銷售額申報營業稅，特訂定輔導期至101年4月30日止，營業人於100年6月22日至12月31日間銷售與保稅區營業人供非保稅貨物使用之貨物或勞務，除該保稅區營業人就前開非保稅貨物或購入之貨物或勞務於輔導期限屆滿前已報運出口或轉供保稅貨物使用者，得取具該保稅區營業人書面切結適用零稅率外，原開立錯誤之統一發票須作廢並重新開立應稅統一發票，並依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報補繳稅款。營業人如銷售不符合前述「供營運之貨物或勞務」定義之貨物或勞務與保稅區營業人，且誤以零稅率銷售額申報營業稅之情形，請於輔導期限內依相關規定補報補繳應納之營業稅額，以免受罰。
