财政部北区国税局表示，营业人因退运进口货物而取得海关退还进口货物溢缴之营业税，依加值型及非加值型营业税法第15条第2项后段规定，应於发生退税之当期（月），申报营业税时於进项税额扣减之。
该局说明，营业人因瑕疵等原因退回进口货物，该笔货物退运出口后不再复运进口，向海关申报出口报单类别及统计方式为「G3外货复出口」及「82已完税进口之外货因故复出口不再进口」，是类案件系属进货退出，非属外销货物出口，营业人於货物进口时已缴纳营业税额并申报扣抵销项税额，嗣退回进口货物，并取得海关核退进口货物溢缴之营业税，系属进项税额之减少，营业人应自行填具「海关退还溢缴营业税申报单」，并区分「进项及费用」与「固定资产」分别填入申报书「进项」之 「减：退出、折让及海关退还溢缴税款」项目（申报书第40、41或42、43栏），於发生退税当期（月）之进项税额中扣减之；营业人倘未向海关申请退还进口货物溢缴之营业税，得於申报时将该笔进货退出列为进项总金额栏位（申报书第48或49栏）之减项。
该局举例，甲公司111年12月进口货物1批，进货金额合计新台币（下同）1,000,000元，缴纳海关代徵之进口营业税额50,000元，并於112年1月15日申报扣抵销项税额；嗣后因部分货物发生瑕疵，将价值400,000元货物退回与国外供应商，甲公司於112年2月10日间取得海关核退溢缴营业税额20,000元，则甲公司应於112年3月15日申报时，在申报书填入「进货退出、折让及海关退还溢缴税款」栏位，列为进项税额之减项。
该局吁请营业人进口货物，由海关代徵之营业税额已依法申报扣抵销项税额者，如嗣后发生进货退出，并向海关取得核退营业税，倘漏未於发生退税之当期（月）申报进货退出之退税金额，形同虚报进项税额，在未经检举或稽徵机关调查前，请尽速自动补报缴税款，以免遭补税处罚。