財政部北區國稅局表示，營業人因退運進口貨物而取得海關退還進口貨物溢繳之營業稅，依加值型及非加值型營業稅法第15條第2項後段規定，應於發生退稅之當期（月），申報營業稅時於進項稅額扣減之。
該局說明，營業人因瑕疵等原因退回進口貨物，該筆貨物退運出口後不再復運進口，向海關申報出口報單類別及統計方式為「G3外貨復出口」及「82已完稅進口之外貨因故復出口不再進口」，是類案件係屬進貨退出，非屬外銷貨物出口，營業人於貨物進口時已繳納營業稅額並申報扣抵銷項稅額，嗣退回進口貨物，並取得海關核退進口貨物溢繳之營業稅，係屬進項稅額之減少，營業人應自行填具「海關退還溢繳營業稅申報單」，並區分「進項及費用」與「固定資產」分別填入申報書「進項」之 「減：退出、折讓及海關退還溢繳稅款」項目（申報書第40、41或42、43欄），於發生退稅當期（月）之進項稅額中扣減之；營業人倘未向海關申請退還進口貨物溢繳之營業稅，得於申報時將該筆進貨退出列為進項總金額欄位（申報書第48或49欄）之減項。
該局舉例，甲公司111年12月進口貨物1批，進貨金額合計新臺幣（下同）1,000,000元，繳納海關代徵之進口營業稅額50,000元，並於112年1月15日申報扣抵銷項稅額；嗣後因部分貨物發生瑕疵，將價值400,000元貨物退回與國外供應商，甲公司於112年2月10日間取得海關核退溢繳營業稅額20,000元，則甲公司應於112年3月15日申報時，在申報書填入「進貨退出、折讓及海關退還溢繳稅款」欄位，列為進項稅額之減項。
該局籲請營業人進口貨物，由海關代徵之營業稅額已依法申報扣抵銷項稅額者，如嗣後發生進貨退出，並向海關取得核退營業稅，倘漏未於發生退稅之當期（月）申報進貨退出之退稅金額，形同虛報進項稅額，在未經檢舉或稽徵機關調查前，請儘速自動補報繳稅款，以免遭補稅處罰。