财政部台北国税局表示，营利事业依「严重特殊传染性肺炎防治及纾困振兴特别条例」第3条第3项规定，给付员工集中(居家)检疫或隔离、员工为照顾生活不能自理之受隔离或检疫家属而请之防疫隔离假，或员工依中央流行疫情指挥中心指挥官所为应变处置指示而得请假期间之薪资，按同条例第4条规定，得就该薪资金额之200%，自当年度营利事业所得税结算、决算或清算申报之所得额中减除。此外，依同条例第9条之1规定自政府领取之补贴、补助、津贴、奖励及补偿，免纳所得税。
该局说明，前述2项租税纾困措施系为鼓励企业提供有薪之防疫隔离假，以维持员工生计及协助受疫情影响之产业，为落实政策目的，员工防疫隔离假薪资费用符合前揭规定加倍减除金额及自政府领取补贴适用免税规定金额，不列为所得基本税额条例第7条第1项第10款规定应加计营利事业基本所得额之项目。
该局呼吁，为便利民众了解财政部因应疫情之相关税务规定及申请流程，财政部网站已建置「严重特殊传染性肺炎专区」(https://www.mof.gov.tw/covid19)提供即时资讯，请多加利用。