臺南市安南區林小姐詢問，本公司總機構與分支機構分別負責生產、銷售，各自申報營業稅時，負責生產之總機構只有進項稅額而幾無銷項稅額，造成帳上留抵稅額逐期增加，另負責銷售之分支機構則每期繳稅而無進項稅額可資扣抵，不利資金調度運用，該如何解決？
南區國稅局安南稽徵所表示，依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第38條第1項規定，營業人之總機構及其他固定營業場所(即分支機構)，應分別向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。但因考慮到依營業稅法第4章第1節規定計算稅額之營業人，係以進項稅額扣抵銷項稅額而得應納稅額，進項稅額大於銷項稅額時，則予退還或留抵次期應納稅額，總機構及其他固定營業場所如分別就地繳稅，可能形成部分單位只有進項稅額，每期留抵稅額（特定情況才能申請退稅），部分單位則每期繳稅而無進項稅額可資扣抵之困擾，因此，營業稅法第38條第2項規定，營業人得向財政部申請核准就總機構及所有其他固定營業場所銷售之貨物或勞務，由總機構合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。
該所提醒，經核准由總機構合併申報之營業人，其他固定營業場所仍應向所在地主管稽徵機關申報進、銷項營業資料、統一發票明細表及營業人銷售額與稅額申報書，填報申報書時，應在申報書右上角「各單位分別申報」欄右方空格內打「V」，稅額計算欄內可以不必填寫，亦免予繳納營業稅，但應將申報書收執聯影本送總機構。總機構本身個別營業部分與其他固定營業場所申報方法相同，另應彙集自行填寫及所屬其他固定營業場所，所送申報書收執聯影本，加總合計後填寫申報書1份，計算應納或溢付的營業稅額，並在右上角「總機構彙總報繳」右方空格內打「V」，其有應納稅額者，應先向公庫繳納後，再向稽徵機關申報。
南區國稅局安南稽徵所表示，依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第38條第1項規定，營業人之總機構及其他固定營業場所(即分支機構)，應分別向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。但因考慮到依營業稅法第4章第1節規定計算稅額之營業人，係以進項稅額扣抵銷項稅額而得應納稅額，進項稅額大於銷項稅額時，則予退還或留抵次期應納稅額，總機構及其他固定營業場所如分別就地繳稅，可能形成部分單位只有進項稅額，每期留抵稅額（特定情況才能申請退稅），部分單位則每期繳稅而無進項稅額可資扣抵之困擾，因此，營業稅法第38條第2項規定，營業人得向財政部申請核准就總機構及所有其他固定營業場所銷售之貨物或勞務，由總機構合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。
該所提醒，經核准由總機構合併申報之營業人，其他固定營業場所仍應向所在地主管稽徵機關申報進、銷項營業資料、統一發票明細表及營業人銷售額與稅額申報書，填報申報書時，應在申報書右上角「各單位分別申報」欄右方空格內打「V」，稅額計算欄內可以不必填寫，亦免予繳納營業稅，但應將申報書收執聯影本送總機構。總機構本身個別營業部分與其他固定營業場所申報方法相同，另應彙集自行填寫及所屬其他固定營業場所，所送申報書收執聯影本，加總合計後填寫申報書1份，計算應納或溢付的營業稅額，並在右上角「總機構彙總報繳」右方空格內打「V」，其有應納稅額者，應先向公庫繳納後，再向稽徵機關申報。
