依新修正所得税法第39条规定，以往年度营业之亏损，不得列入本年度计算。但公司组织之营利事业，会计帐册簿据完备，亏损及申报扣除年度均使用第七十七条所称蓝色申报书或经会计师查核签证，并如期申报者，得将经该管稽徵机关核定之前十年内各期亏损，自本年纯益额中扣除后，再行核课。
依98年2月11日台财税第09804513590号函释，符合所得税法第39条第1项但书规定之公司，经稽徵机关核定之92年度以后（含92年度）亏损，尚未依法扣除完毕者，得适用原为5年修正后为10年之规定。
纳税义务人若违章情节重大者，不适用所得税法第39条有关前10年亏损扣除之规定，营利事业列报成本费用等课税资料，应依规定取得合法凭证，切勿以不正当方法逃漏税捐，以免因小失大。
