依新修正所得稅法第39條規定，以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。
依98年2月11日台財稅第09804513590號函釋，符合所得稅法第39條第1項但書規定之公司，經稽徵機關核定之92年度以後（含92年度）虧損，尚未依法扣除完畢者，得適用原為5年修正後為10年之規定。
納稅義務人若違章情節重大者，不適用所得稅法第39條有關前10年虧損扣除之規定，營利事業列報成本費用等課稅資料，應依規定取得合法憑證，切勿以不正當方法逃漏稅捐，以免因小失大。
